神曲和建曲一般不可以通用，這是兩種不同的藥物，且在成分、功效作用方面有所差別。
這兩種藥物一般不能通用，是有較大區別的兩種藥物。神曲是由辣蓼、青蒿、杏仁泥、赤小豆、鮮蒼耳草等加入面粉或麩皮后發酵而成的曲劑中藥，具有消食健脾、產后回乳、解表散寒的功效，常用于治療消化不良、食積、胸悶腹脹、嘔吐腹瀉等不適癥狀。建曲是一種中成藥，由苦杏仁、檳榔、青蒿、廣藿香、谷芽、甘草等藥物成分制成，具有解表和中的功效，常用于治療寒熱頭痛、食滯中阻、嘔吐脹滿等不適癥狀，適用于風寒感冒患者。
綜上所述，二者在制成方式、藥物成分、功效、主治疾病方面都有所不同，所以通常不能代替使用，避免病情治療不當，引起不適癥狀。