十六味馬藺子丸的副作用包括過敏反應、胃腸道不適、口腔不適等癥狀，建議在醫生指導下合理用藥，出現不適癥狀后及時告知醫生。
1.過敏反應：十六味馬藺子丸是一種中成藥，具有清熱消腫的功效，用于急性附睪炎、慢性附睪炎、急性睪丸炎，亦可用于睪丸結核。如果對藥物成分過敏的人用藥，可能會出現皮疹、皮膚瘙癢、流鼻涕、打噴嚏、喉嚨發癢等過敏反應。建議及時停藥，過敏嚴重者建議遵醫囑使用氯雷他定片、鹽酸異丙嗪片等抗過敏藥物治療。
2.胃腸道不適：如果長期用藥或用藥不當，以及脾胃虛弱的人，用藥可能會刺激胃腸道，引起惡心、嘔吐、腹脹、腹瀉等不良反應。建議及時告知醫生，在醫生指導下停藥，脾胃虛弱者盡量飯后用藥。
3.口腔不適：十六味馬藺子丸由馬藺子、馬尿泡、豆蔻、菥、螃蟹、芒果核、蒲桃、大托葉云實、紫草茸、圓柏枝膏、訶子、藏茜草、波棱瓜子、巴夏嘎、藏紫草、刀組成，藥效較猛，服藥后可能會導致口干、口渴等口腔不適，建議日常多喝水。
十六味馬藺子丸具有較好的作用，但也有一定副作用，根據個人體質不同，不良反應有所差異，建議在醫生指導下合理用藥。