小兒出生時評分為9分，通常表明其出生時的健康狀況良好。然而，在極少數情況下，可能會出現一些并發癥。
在您描述的情況下，患兒出生后三天因肺炎轉院，并被發現存在眼上翻和腦部異常。CT檢查顯示蛛網膜下腔出血且腦部有大面積低密度影，最終診斷為重度缺血缺氧性腦病。
需要明確的是，新生兒缺血缺氧性腦病（HIE）是由于出生前后缺氧導致的腦損傷。雖然評分較高，但如果存在窒息史或其他危險因素，仍有可能發生此類問題。
CT檢查顯示的大面積低密度影和少量蛛網膜下腔出血提示了腦部受損區域廣泛，這可能意味著病情較為嚴重。然而，醫學界普遍認為，大多數HIE患兒，尤其是早期治療得當的，預后是良好的。
對于重度病例，盡管恢復過程可能較長，但仍有相當比例的患兒能夠完全康復或僅留下輕微后遺癥。當然，具體情況需要根據患兒的臨床表現和后續評估來確定。
建議家長保持與醫療團隊的密切溝通，遵循他們的指導進行定期隨訪和必要的干預治療。同時，注意觀察孩子的發育情況，如發現任何異常及時就醫。
總體而言，盡管當前情況令人擔憂，但通過積極的治療和護理，患兒有望獲得較好的恢復效果。