扁桃體結石較小時，患者可無明顯感覺，隨著結石的增大，患者可出現咽部異物感、咽痛、舌咽神經痛等癥狀。
1.咽部異物感：扁桃體結石是脫落的上皮組織和細菌碎片形成的干酪樣物質，異常存在于扁桃體隱窩內會使患者的咽部出現異物感，建議患者適當增加飲水量。
2.咽痛：通常認為扁桃體結石是扁桃體長期慢性炎癥反應的結果，患者的咽喉黏膜受炎癥刺激可能會出現水腫、疼痛的癥狀，患者可遵醫囑使用清咽滴丸、六神丸等藥物治療。
3.舌咽神經痛：病情較嚴重時，炎癥可能會損傷舌咽神經，引起舌咽神經痛，明顯影響患者說話和進食，患者可遵醫囑使用復方氯己定含漱液、阿莫西林膠囊等藥物治療。
如果扁桃體結石較大，嚴重影響日常生活，患者進行扁桃體切除術或切開取石術治療。