龜頭起水皰、破皮的原因有很多，常見原因為龜頭炎、生殖器皰疹、尖銳濕疣等，患者應及時前往醫院就診，通過相關檢查明確診斷，并遵醫囑進行針對性治療。
1、龜頭炎：通常由細菌、真菌感染所致，龜頭黏膜被炎性因子持續刺激，可出現丘疹、水皰，并伴有瘙癢癥狀，表現為龜頭起水皰、破皮。患者可以在醫生指導下外用紅霉素軟膏、酮康唑乳膏等藥物，并配合服用左氧氟沙星片、頭孢克肟膠囊等藥物進行治療；
2、生殖器皰疹：通常為單純皰疹病毒感染所致，局部可出現丘疹、皰疹，隨病情發展可出現蛻皮、滲液等情況，可表現為龜頭起水皰、破皮。患者可以在醫生指導下外涂阿昔洛韋乳膏，并配合口服阿昔洛韋片、鹽酸伐昔洛韋片等藥物進行治療；
3、尖銳濕疣：通常為感染人乳頭瘤病毒所致，患者龜頭出現尖銳濕疣時，可出現紅色、灰白色的乳頭狀、菜花狀凸起，患者抓撓病變處可造成龜頭起水皰、破皮的現象。建議患者通過冷凍、激光等方法進行治療，必要時通過手術切除；
4、其他：患者進行包皮或陰莖部的手術時，如包皮環切術等，術后需要使用紗布敷料包扎切口，因局部淋巴循環被臨時破壞，龜頭淋巴循環回流受阻，可造成水腫、脫皮的現象，可表現為龜頭起水皰、破皮，通常無需特殊處理。