嬰兒喝蔥白水的危害是刺激腸胃，嬰兒的腸胃消化功能較弱，喝蔥白水可能會導致嬰兒反胃嘔吐、腹痛腹瀉、呼吸道過敏等。
蔥白水當中含有大蔥的刺激性氣味，嬰兒的胃腸道還未完全發育成熟，消化能力還比較薄弱，嬰兒進食含有刺激性氣味的蔥白水可能導致胃腸道負擔過重，從而引起消化不良、胃腸功能紊亂的癥狀，比如嬰兒在喝了蔥白水之后會出現惡心、嘔吐、腹痛、腹脹、腹瀉等不良反應。部分嬰兒喝蔥白水可能會出現過敏癥狀，尤其是過敏體質的嬰兒發生過敏癥狀的幾率會明顯增高，如果嬰兒呼吸道過敏，可能進食完蔥白水之后會出現打噴嚏、流鼻涕、咳嗽，甚至可能會誘發過敏性哮喘等癥狀。部分嬰兒可能會出現濕疹加重、蕁麻疹或者其他的過敏性皮疹。
嬰兒身體的各個機能還沒有完全發育成熟，所以不建議嬰兒飲用。