通常情況下，有囊腫可以打HPV疫苗，但是病情嚴重時，則不可以打HPV疫苗。
婦科常見的囊腫一般有卵巢囊腫、宮頸囊腫等，而HPV疫苗主要包括二價疫苗、四價疫苗以及九價HPV疫苗。 HPV疫苗用于預防HPV病毒感染，囊腫一般與HPV病毒沒有關系，所以打HPV疫苗一般不會對身體造成影響。但是患者病情過于嚴重或者體內感染人乳頭瘤病毒時，一般不建議打該疫苗，此時可能會出現疫苗無法發揮作用的情況，建議患者及時去醫院的婦科接受治療或再打HPV疫苗。
患有囊腫時患者要積極接受治療，避免延誤病情而危及生命。打HPV疫苗后要保證充足的休息和睡眠，以免生病影響疫苗效果。