臨床上一般不存在扎沖十三味丸最長吃多少天的說法，一般可以遵醫囑使用20-30天。
扎沖十三味丸的主要成分為訶子、制草烏、石菖蒲、木香、人工麝香、珊瑚（制）、珍珠（制）、丁香、肉豆蔻、沉香、禹糧土、磁石（煅）、甘草，具有祛風通竅、舒筋活血、鎮靜安神的功效，一般可以用于治療半身不遂、左癱右瘓、口眼歪斜、四肢麻木、腰腿不利、言語不清、筋骨疼痛、神經麻痹、風濕、關節疼痛等不適病癥。通常可以在醫生的指導下使用該藥物20-30天。
扎沖十三味丸的不良反應尚不明確，如果患者的身體出現了上述不適病癥，需要使用扎沖十三味丸來治療，一定要在醫生的指導下使用，由于中藥的藥效一般比較慢，通常使用20-30天以后藥效會比較明顯，然后可以遵醫囑停藥。
但是，由于孕婦的體質比較特殊，一般禁止使用扎沖十三味丸，避免對自身健康和胎兒健康造成影響。
建議患者在治療期間養成健康的作息習慣，盡量保證充足的睡眠時間，不要長時間熬夜或過于勞累，也不要情緒波動過大，以免影響身體的恢復。