男性尖銳濕疣通常可采取體格檢查、皮膚鏡檢查、醋酸白試驗、組織病理檢查、HPV分子生物學檢測等措施診斷。
1.體格檢查：醫生通過肉眼觀察皮損的部位和形態，結合患者的病史進行分析。大多數尖銳濕疣臨床表現典型，通過專科醫生的肉眼辨認即可做出準確的診斷。如果存在肉眼可見的尖銳濕疣，通常不需要更多的檢測就可以確診。
2.皮膚鏡檢查：如果皮損過小，肉眼看不清，可能需要進行皮膚鏡檢查。皮膚鏡檢查能夠觀察到肉眼不易辨認的微小的尖銳濕疣，起到輔助診斷的作用。
3.醋酸白試驗：用3%~5%醋酸外涂在皮損上，觀察皮損的變化。如果皮損逐漸變白并稍隆起，則提示尖銳濕疣的可能性大。但醋酸白試驗的特異性較低，偶有假陽性結果，因此主要用于判斷尖銳濕疣可能累及的區域，進而對該區域進行進一步的治療或檢查。
4.組織病理檢查：由醫生選擇典型的皮損進行局部麻醉，用手術刀切除小塊病變組織，制成病理切片進行觀察。如果表皮呈乳頭瘤樣增生伴角化不全，顆粒層和棘層上部細胞有明顯的空泡形成，胞質著色淡，核濃縮深染，有凹空細胞，則可確診為尖銳濕疣。組織病理檢查是診斷尖銳濕疣的金標準。
5.HPV分子生物學檢測：刮取少量皮損組織，通過核酸分子雜交、PCR技術等檢測HPV-DNA。此方法雖然可以檢測HPV感染，但并非尖銳濕疣的確診方法。常用于診斷HPV的亞臨床感染，為治療提供參考。
男性尖銳濕疣在潛伏期可能難以檢測出來，因為此時可能沒有明顯的皮損或癥狀，注意遵醫囑合理分析。