氟康唑和甲硝唑的區別，主要體現在藥品類別、適應證、注意事項、不良反應方面，兩種藥物皆為處方藥，需在醫生指導下應用，不可擅自應用。
1、藥品類別：氟康唑是抗真菌藥，具有廣譜抗真菌作用。甲硝唑是硝基咪唑類藥物，主要用于治療各種厭氧菌所引起的感染，亦可用于各種寄生原蟲感染；
2、適應證：氟康唑可用于治療全身性念珠菌病，包括念珠菌菌血癥、播散性念珠菌病，及其它形式的侵襲性念珠菌病，如腹膜炎、心內膜炎、泌尿道感染、生殖道感染等，亦可用于隱球菌病以及皮膚真菌病的治療。甲硝唑可用于治療各種厭氧菌引起的感染，如敗血癥、肺膿腫、心內膜炎、腹腔感染、盆腔感染、腦膜炎、婦科感染、皮膚軟組織感染、牙周感染、幽門螺桿菌引起的胃炎和消化性潰瘍，亦可用于各種寄生蟲感染，如陰道毛滴蟲感染、溶組織內阿米巴、利什曼原蟲病等；
3、注意事項：由于氟康唑與其他吡咯類藥物容易發生交叉過敏反應，故禁止聯合應用吡咯類藥物。另外，氟康唑主要經腎臟排泄，而且可能引起一過性肝損傷，故需要定期進行肝腎功能檢查。服用甲硝唑期間以及服藥前3天和服藥后7天，需禁止飲酒或飲用含有酒精的飲料、食物，以避免發生雙硫侖樣反應；
4、不良反應：氟康唑的不良反應主要為腹瀉、腹痛、皮疹、剝脫性皮炎等。甲硝唑的不良反應主要為食欲不振、腹部絞痛、頭暈、頭痛等。