HIV即艾滋病病毒，吃阻斷藥期間通常很難檢測出HIV。阻斷藥于暴露后72小時內使用，需服用28天，這個時間段仍然在HIV抗體檢測窗口期，無法使用抗體檢測查明感染。
HIV感染的建立需要經過多次感染CD4細胞來將感染放大，直至形成血流播散，感染牢固地建立不再可逆。感染過程中，會伴隨著病毒復制，產生病毒相關蛋白，病毒DNA以及病毒RNA(不穩定)，這些均可作為病毒標志，用于感染檢測。其中病毒蛋白對免疫系統刺激產生的抗體，還作為初篩和確證的重要標志。
服用阻斷藥時，屬于感染早期，加上阻斷藥的作用，病毒蛋白和病毒RNA表達量很低，甚至不表達，對免疫系統的刺激也比較弱。此時抗體還沒有產生或未達到可以被檢出的滴度，因此抗原/抗體檢測、抗體檢測以及病毒RNA檢測都可以呈現陰性結果。阻斷藥壓力下，若感染建立，病毒DNA是可以穩定存續的標志，因此檢測病毒DNA有發現感染的可能。即阻斷期內病毒DNA陽性，提示感染，但陰性也不能排除感染。