抗抑郁藥三周才起效，主要由于抗抑郁藥本身的特點及機體特點所決定，抗抑郁藥是通過調節腦內神經遞質，起到抗抑郁的作用，而神經遞質的含量在機體中相對于其他物質而言較低，而且藥物要作用于大腦就必須通過血-腦屏障，所以導致藥物起效時間比較長。
神經遞質是神經元之間，或神經元與效應細胞之間傳遞信息的一種化學物質，主要通過突觸來進行這一過程，通過突觸前膜釋放到達突觸間隙，作用于突觸后膜，興奮后膜上的受體傳遞信息，調節身體的各項功能，神經遞質的含量相對于體內的其他物質，其含量并不算高。而抗抑郁藥主要是通過調節神經遞質起到作用，在神經遞質含量較低的情況下，需要較長時間藥物才能起到效果。另外腦毛細血管壁與神經膠質細胞形成血漿和腦脊液之間的屏障，也就是血-腦屏障，這些屏障能夠阻止某些物質通過，因此藥物想穿過血-腦屏障就要達到一定的血藥濃度，也就導致抗抑郁藥三周才起效。
抗抑郁藥的起效時間比較久，而導致抑郁癥、焦慮癥的患者服用藥物的依從性較低，患者可能感覺藥物無效，但總體治療時間需要1-2年，因此患者需要堅持服藥。