新生兒單側腎積水41mm可能是先天性因素、膀胱輸尿管反流等原因引起的，需要根據實際情況進行相應的處理，具體分析如下：
1.先天性因素：如果新生兒出現了先天性輸尿管狹窄，通常會導致尿液不能順利的排出，會使腎積水增多。需要去醫院做輸尿管CT平掃，確診是過度狹窄之后可以通過微創手術的方式進行改善。
2.膀胱輸尿管反流：如果新生兒患有膀胱輸尿管反流，容易導致膀胱中的尿液反流到腎臟中，出現腎積水增多的癥狀，導致新生兒單側腎積水41mm，可以在醫生的指導下使用抗生素類藥物進行改善，比如阿莫西林膠囊、頭孢克肟分散片等。