正確使用痰咳凈散通常沒有明顯的副作用，但是長期或者是過量使用，可能會有一些副作用，比如呼吸急促、心慌、胃腸不適等。
痰咳凈散由桔梗、甘草、咖啡因、遠志、冰片、五倍子、苦杏仁等成分組成，支氣管炎、咽炎等引起的咳嗽多痰、氣喘氣促等癥狀都可以用該藥物來治療。痰咳凈散一般沒有明顯的不良反應，但是由于含有咖啡因、冰片等成分，所以長期或過量使用，會引起胃腸道不適，甚至出現依賴，表現為呼吸急促、心慌等癥狀。如果需要用藥，一定要在醫生的指導下治療，不要隨意加大用量，否則會產生不良反應。不能長時間使用，如果用藥3天沒有好轉，需要到醫院復查。
另外，在服藥期間盡量避免吃辛辣、生冷、油膩等食物，比如辣椒、雪糕、紅燒肉等。