地衣芽孢桿菌活菌膠囊的副作用可能會造成便秘的現象，具體情況還需因人而異。
地衣芽孢桿菌活菌膠囊屬于益生菌藥物，主要是活菌進入腸道后，可對致病菌有拮抗作用，幫助緩解細菌或真菌引起的急、慢性腸炎、腹瀉等癥狀。若是該藥物使用不當，也可能會出現便秘的副作用。主要是因為腸道本身有一定的菌群，大多數時候處于動態平衡的情況，若是使用該藥物不當，容易導致腸道菌群失調，可能會出現腹瀉、腹痛等不適癥狀，易對消化道健康造成損傷。
作為藥物，地衣芽孢桿菌活菌膠囊具有一定的適用范圍，為避免出現用藥副作用，建議在醫生指導下合理地進行使用，降低用藥風險，保護機體健康。