中藥牡蠣和生牡蠣的主要區別是藥用價值不一樣。
生牡蠣常作為食材，其藥用價值不明顯。而中藥牡蠣是將生牡蠣去肉，洗凈后的殼曬干得到，其藥用價值較高，具有平肝潛陽、收斂固澀、軟堅散結、鎮驚安神的功效。一般用于治療心神不安、驚悸失眠、頭目眩暈、自汗、盜汗、遺精、滑精、遺尿、尿頻等病癥的治療，在臨床上的應用比較廣泛。
需要注意的是，不建議過敏體質人群使用該藥，容易誘發過敏反應，且牡蠣具有一定的寒性，也不建議患有胃炎、十二指腸潰瘍、膽囊炎等消化系統疾病的患者使用該藥，以免加重病情。此外，也不建議牡蠣和柿子、綠豆、芹菜等食物一起吃，容易相互反應，影響牡蠣的藥效。