人乳頭瘤病毒陽性經過規范、足療程的治療可以治愈，但是如果頻繁與病毒攜帶者發生直接接觸或間接接觸，有可能會導致人乳頭瘤病毒反復感染。
如果人乳頭瘤病毒在局部皮膚表面附著，但是局部皮膚并沒有產生病理性改變。該情況可以選擇涂抹重組人干擾素α2b凝膠，能夠抑制局部病毒的代謝和繁殖，但需遵醫囑進行治療，并定期進行復查，明確其療效。
如果皮膚或黏膜表面被人乳頭瘤病毒侵襲，而且局部已經形成了空泡樣改變。這時皮膚表面可能會出現扁平疣、尋常疣、絲狀疣、跖疣、尖銳濕疣等病理現象，也是可以治愈的。需要先選擇使用激光或液氮冷凍等方式將皮膚表面的病毒疣完全去除干凈，等到局部皮膚恢復至光滑之后，再涂抹重組人干擾素α2b凝膠，防止復發。
人乳頭瘤病毒陽性者在通過正規的治療之后可以轉成陰性，但日常生活中需注意清潔衛生，自己的物品自己使用，以降低復發概率。