心房撲動通常沒有首選的治療藥物。心房撲動可能是甲狀腺功能亢進癥、急性心包炎、冠狀動脈粥樣硬化性心臟病等原因導致的，患者通常應對癥吃藥。
1.甲狀腺功能亢進癥：甲狀腺功能亢進癥是指血液循環中甲狀腺激素水平增高引起的內分泌疾病。患者可能會因為基礎代謝率增高，導致心臟過于興奮，進而誘發心房撲動。患者可以按照醫囑使用甲巰咪唑片、鹽酸普萘洛爾片、丙硫氧嘧啶片等藥物進行治療。
2.急性心包炎：急性心包炎為心包臟層和壁層的急性炎癥性疾病，患者的病情進一步發展后，易累及竇房結而誘發房性心律失常，比如心房撲動、房性早搏等。患者可以按照醫囑使用吲哚美辛片、布洛芬緩釋膠囊、秋水仙堿片等藥物進行治療。
3.冠狀動脈粥樣硬化性心臟病：冠狀動脈粥樣硬化性心臟病是指冠狀動脈發生粥樣硬化引起管腔狹窄或閉塞，導致心肌缺血缺氧或壞死的常見的心血管系統疾病。患者病發時，可能會使心房電脈沖信號傳導通路異常，進而引起心房撲動。患者可以按照醫囑使用琥珀酸美托洛爾緩釋片、復方丹參滴丸、硫酸氫氯吡格雷片等藥物進行治療。
這種癥狀還可能和心力衰竭有關，患者應前往醫院進行檢查，針對病因進行治療。患者經過治療后，通常可以緩解不適。