眼藥水一般會被胎兒吸收，如果需要用藥，需謹遵醫囑進行。
眼睛的結膜和淚道黏膜較為疏松，眼藥水滴入眼內后，可以迅速通過這些黏膜吸收入血液中。一旦藥物進入血液循環，就有可能通過胎盤屏障，最終被胎兒吸收一部分。因為胎盤是連接母體和胎兒的器官，負責營養物質交換，雖然具有一定的篩選功能，但不是所有物質都無法通過，所以一般部分小分子藥物或脂溶性較高的藥物更容易穿透胎盤，到達胎兒體內。
通常眼藥水中的成分不同，其對胎兒的影響也不同。如果有必要使用眼藥水，為了最大限度地降低對胎兒的潛在風險，需注意積極配合醫生正確使用、選擇對胎兒影響小的眼藥水。