一般情況下，蛋白質不消化可能會拉稀。故臨床建議盡量不要過多進食富含蛋白質的食物，同時除了補充蛋白質外，還應適當選擇富含維生素的食物進食，如蔬菜、水果等。
蛋白質作為人體的必需營養成分，每日都應適當進食，但由于其作為大分子物質，相對較難消化，若存在輕度蛋白質不消化的情況，可能無明顯不適癥狀，或僅出現輕度腹脹癥狀，一般不會出現拉稀癥狀。但如果存在重度蛋白質不消化的情況，可能會加重胃腸負擔，同時可能會導致胃腸蠕動產生異常，并影響胃腸消化功能，部分蛋白質不消化的人群可能會出現明顯的腹痛、腹脹等現象，少部分患者也可能會因為胃腸功能紊亂而出現拉稀、嘔吐等不適，因此蛋白質不消化可能會拉稀。
但是由于每個人的體質不一樣，所以出現腹瀉的幾率也可能會存在差異。若機體出現蛋白質不消化的情況，應及時就醫，并遵醫囑選擇合適的藥物進行改善，如選擇服用多潘立酮片等促進消化的藥物緩解癥狀。