一般來說，吃了益生菌肚子不舒服可能是消化不良、腸道感染等原因引起的。具體分析如下：
1.消化不良：吃了益生菌肚子不舒服可能是消化不良引起的，患者可能還會出現腹脹、惡心等癥狀，建議患者通過順時針按摩腹部、熱敷等方式進行改善。
2.腸道感染：吃了益生菌肚子不舒服可能是腸道感染引起的，患者可能還會出現腹痛、嘔吐等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用鹽酸環丙沙星膠囊、硫酸慶大霉素片等藥物進行治療。
此外，患者需要養成良好的飲食習慣，以清淡營養的食物為主，避免辛辣、刺激性食物。