懷孕39天肚子隱隱的疼可能是子宮增大、先兆流產、異位妊娠、急性胃腸炎、盆腔炎性疾病后遺癥等因素所致，建議患者及時前往正規醫院就診檢查，在醫生的指導下選擇日常護理、藥物治療或手術治療的方式進行處理。
1、子宮增大：懷孕后，子宮會逐漸增大，對周圍的組織和器官產生一定的牽拉和壓迫，可能會引起肚子隱隱的疼。這種疼痛通常比較輕微，一般不需要特殊處理，但患者需要注意休息，避免過度勞累。
2、先兆流產：如果孕婦體內的孕激素水平較低，或者存在胚胎發育不良等情況，可能會引起先兆流產。患者可能會出現肚子隱隱的疼、陰道流血等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用黃體酮膠囊、地屈孕酮片、維生素E軟膠囊等藥物進行保胎治療。
3、異位妊娠：異位妊娠是指受精卵在子宮體腔以外的部位著床發育。患者可能會出現肚子隱隱的疼、陰道流血等癥狀，如果異位妊娠破裂，還可能會引起劇烈的腹痛、休克等癥狀。患者需要及時進行手術治療，如輸卵管切除術、輸卵管開窗術等。
4、急性胃腸炎：如果孕婦在懷孕期間飲食不潔，可能會引起急性胃腸炎。患者可能會出現肚子隱隱的疼、惡心、嘔吐、腹瀉等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用蒙脫石散、雙歧桿菌四聯活菌片、口服補液鹽（I）等藥物進行治療。
5、盆腔炎性疾病后遺癥：如果孕婦在懷孕前患有盆腔炎性疾病，沒有徹底治愈，可能會留下盆腔炎性疾病后遺癥。患者可能會出現肚子隱隱的疼、腰骶部酸痛等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用阿莫西林膠囊、頭孢克肟膠囊等藥物進行治療。
懷孕39天肚子隱隱的疼，孕婦應注意休息，避免過度勞累和劇烈運動。保持心情舒暢，避免緊張和焦慮。注意飲食衛生，避免食用不潔食物和生冷食物。如果肚子疼痛加重或伴有陰道流血等癥狀，應及時就醫。同時，孕婦應遵醫囑定期進行產前檢查，了解胎兒的發育情況。