適量地吃質量合格的轉基因大豆油通常不會對人體造成明顯的危害，但如果過量地吃轉基因大豆油，則可能有影響營養攝入、導致過敏、誘發高脂血癥等危害。
1、影響營養攝入：轉基因大豆油是以轉基因大豆為原料而制成的食用油，在該過程中，可能會破壞大豆油中原有的營養元素，進而影響機體對營養的攝入，過量食用后可能導致營養不良。
2、導致過敏：如果食用者對轉基因大豆油的成分過敏，在過量進食后，容易對機體產生較為明顯的刺激，導致免疫系統過度應答，引起嚴重的過敏反應，常有皮膚紅腫、局部瘙癢、咽喉水腫、嘴唇發麻等表現，甚至可能造成過敏性休克。
3、誘發高脂血癥：轉基因大豆油的脂肪含量較高，如果過量地吃轉基因大豆油，容易導致脂肪攝入量超過身體需求，進而大量堆積在體內，不僅可能使身材發胖，還可能使肝臟長期超負荷代謝脂肪，令肝臟代謝脂肪的能力減退，導致血脂異常升高，可能引起高脂血癥。
此外，在過量吃質量不合格的轉基因大豆油的影響下，可能引起中毒反應，嚴重危害生命健康。