腘窩囊腫手術通常有風險，因個體差異而異，主要的風險包括損傷周圍的神經、術后復發、術后感染。
1.損傷周圍的神經：腘窩囊腫與周圍的神經，如腓總神經、坐骨神經等，存在著密切的關系。如果手術操作不當或解剖結構不清晰，可能會對這些神經造成損傷，從而引發感覺障礙、運動障礙等后遺癥。
2.術后復發：腘窩囊腫手術后有一定的復發風險，這一般與患者的個體差異、手術方式、術后護理等因素有關。通常而言，單純切除囊腫的復發率較高，而關節鏡手術等微創治療方法的復發率比較低。
3.術后感染：任何手術都存在感染的風險，腘窩囊腫手術也不例外。如果術前或術后護理不當，如皮膚消毒不嚴格、術后傷口污染等，可能會引發感染，導致局部紅腫、疼痛等癥狀。
為了降低手術風險，建議患者選擇正規的醫院進行手術，并在術前充分了解手術的必要性和風險，與醫生進行充分的溝通。同時，術后要定期到醫院進行復查，注意日常護理，避免劇烈運動和干重體力活，以減少復發的風險。