孩子腸胃感冒出現高燒39℃，有高熱驚厥的可能，需積極退燒。建議及時到醫院就診，在醫生指導下采取退燒措施，常見的包括物理治療、藥物治療。
一、物理治療：1、減少衣物：在胃腸感冒發燒39℃時，應避免給孩子過度保暖，如穿厚衣服、蓋厚被子等，會使體液流失，影響機體的散熱。建議適當的給孩子減少衣物，使散熱更快；
2、擦拭身體：可以用溫熱的毛巾，擦拭孩子的額頭、頸部、手心、腳心，必要時可以給孩子洗溫水澡，能夠幫助體溫快速下降；
3、室內降溫：夏季孩子腸胃感冒高燒39℃，可以適當開空調，降低周圍環境溫度。
二、藥物治療：1、對癥治療：孩子腸胃感冒高燒39℃，要及時遵醫囑口服退熱藥，臨床上常用布洛芬糖漿、對乙酰氨基酚糖漿等藥物，按照公斤、體重選擇合適劑量給孩子應。還可以給孩子使用肛門栓塞入肛門中，也可以較快的將體溫降至正常；
2、對因治療：如果孩子腸胃感冒高燒39℃是病毒感染造成，可以使用抗病毒的藥物，如四季抗病毒合劑、連花清瘟膠囊、小兒豉翹清熱顆粒等。如果是細菌感染導致，可以遵醫囑使用頭孢類藥物，如阿莫西林、小兒頭孢克肟顆粒、小兒頭孢羥氨芐等，但要在孩子對頭孢不過敏的情況下使用。
以上藥物均需要在醫生指導下使用，不可擅自使用，以免產生不良反應。孩子在腸胃感冒高燒時，容易出現脫水，引起體溫升高，若嘔吐、腹瀉的癥狀嚴重，可以口服補液鹽補足體液。除此之外，在日常飲食上，需減少攝入量，選擇清淡易消化食物，盡量吃流食、半流食，多飲水，多休息，都有助于孩子的恢復。