做唇腺活檢并不痛苦。唇腺活檢多用于診斷干燥綜合征，是將患者唇腺取出進行病理檢查，相當于進行一個小手術。手術前患者多需局部麻醉，常采用局部浸潤麻醉，臨床上常用阿替卡因，醫生用專用注射器或者1mL注射器進行局部注射，患者沒有明顯痛苦。麻醉顯效后，患者局部失去傳導痛覺刺激的能力，感受不到疼痛，這時醫生可以在需要取唇腺的部位切一小口，找到黏膜下方的唇腺，將唇腺完整摘除，再進行縫合，唇腺活檢手術結束，不會有明顯痛苦。
但作為一種手術，唇腺活檢和其他無創治療相比，會有輕微疼痛感，每個人對于同樣的疼痛，刺激感覺也不同，有的人難以忍受，而有的人可以忍受。此外，每個人對麻藥的反應也不同，注射麻藥后通常局部感覺不到疼痛，但由于麻藥失效時間不同，有的人剛剛結束手術麻藥失效，這種情況下會感覺到局部疼痛，但大多數會在麻藥注射后2-6個小時才失效，麻藥失效后，患者局部已經沒有明顯疼痛。