連花清瘟膠囊和小柴胡一般可以一起吃，但是建議患者在醫生的指導下合理用藥，以免對機體的健康造成損害。

連花清瘟膠囊是一種中成藥，主要由連翹、金銀花、炙麻黃、炒苦杏仁、石膏、板藍根等組成，具有清瘟解毒、宣肺泄熱的功效。主要用于治療熱毒襲肺所致的流行性感冒，癥狀包括發熱或高熱、惡寒、肌肉酸痛、鼻塞流涕、咳嗽、頭痛、咽干咽痛等。

小柴胡主要由柴胡、黃芩、姜半夏、黨參等藥物組成，具有解表散熱、疏肝和胃的功效。主要用于治療寒熱交替發作、胸脅苦滿、心煩想吐等癥狀。

連花清瘟膠囊和小柴胡并沒有配伍禁忌，且從功效及治療疾病來看，兩藥合用可以治療外感疾病，尤其是對發熱的治療效果較好。

然而，雖然這兩種藥物可以一起吃，但也可能存在潛在的相互作用或不良反應。因此，建議患者在醫生的指導下用藥，不要自行盲目服用，避免對機體的健康造成損害。