吳茱萸與山茱萸的功效一般不一樣，患者應在中醫醫師的指導下服用藥物。
吳茱萸是臨床上常用的溫里藥，而山茱萸是一味收澀藥，吳茱萸和山茱萸在功效、治療疾病等方面通常存在差異，建議患者按照醫囑使用藥物。吳茱萸辛熱香散，有小毒，主入肝經，兼入脾、胃、腎經，患者按照醫囑使用此藥，通常可以起到散寒止痛、降逆止嘔、助陽止瀉等功效。山茱萸酸澀收斂，甘微溫而補，入肝、腎經，一般可以起到補益肝腎、收澀固脫等功效。
如果患者出現厥陰頭痛、寒疝腹痛、嘔吐吞酸、經行腹痛等情況，按照醫囑服用吳茱萸一般可以有效地緩解不適癥狀。而山茱萸通常可以有效治療眩暈耳鳴、腰膝酸痛、陽痿遺精、遺尿尿頻、崩漏帶下等情況。
需要注意的是，吳茱萸有小毒，故不宜多服、久服，如果患者出現陰虛有熱的情況，應避免使用此藥。如果患者出現濕熱、小便淋澀等情況，通常不宜使用山茱萸，以免導致病情加重。
患者在用藥期間應注意休息，避免勞累，注意保持良好的情緒，可以適量吃一些清淡、富含營養的食物，比如魚肉、蘑菇等，以促進身體的恢復。