三分三和藿香正氣膠囊通常能一起吃，但是在服用藥物時通常需要在醫生的指導下使用，避免私自使用，以免產生不良的影響。
三分三是一味中藥材，通常生長在云南、四川等地，能夠治療跌打損傷、腸胃疼痛等，可以內服和外擦。藿香正氣膠囊有祛濕解表的作用，能夠緩解腹脹、腹瀉、食欲不振等情況。兩者之間沒有配伍禁忌，一般可以同時使用，但是在服用時需要在醫生的指導下使用，避免私自增減藥量，以免產生不良的影響。服用藥物期間要避免喝酒和吃刺激性的食物，以免影響藥效的發揮。