包莖上長了個小水泡可能是摩擦刺激、生殖器皰疹、包皮龜頭炎、濕疹、珍珠狀陰莖丘疹等因素引起的，建議患者及時前往正規醫院就診檢查，通過日常護理、藥物治療、手術治療的方式進行處理。
1、摩擦刺激：過度自慰、性生活過于劇烈或內褲材質粗糙等，出現包莖局部受到摩擦刺激，可能會出現小水泡，一般伴有輕微疼痛。處理方式主要是避免進一步刺激，穿著寬松柔軟的內褲。通常無需用藥，可自行恢復。
2、生殖器皰疹：生殖器皰疹由單純皰疹病毒感染引起，病毒侵襲生殖器部位，出現包莖上長小水泡，常伴有疼痛、瘙癢癥狀。患者可在醫生指導下外用阿昔洛韋乳膏、噴昔洛韋乳膏、酞丁安乳膏等抗病毒藥物。
3、包皮龜頭炎：包皮龜頭炎是由于包皮過長、不注意個人衛生等，細菌、真菌等感染引起的炎癥，可能出現小水泡，常伴有紅腫、分泌物增多、異味等癥狀。患者需要保持局部清潔，同時可在醫生指導下外用克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏、莫匹羅星軟膏等藥物。
4、濕疹：濕疹是內外因素出現的皮膚炎癥，發生在包莖部位時，會有小水泡形成，還會有紅斑、丘疹、滲出等。患者可在醫生指導下口服氯雷他定片、鹽酸西替利嗪片、濕毒清膠囊等藥物。
5、珍珠狀陰莖丘疹：珍珠狀陰莖丘疹多與生理發育變異有關，表現為環繞冠狀溝的淡紅色小丘疹，形似小水泡，一般無自覺癥狀，無需治療。若患者有治療需求，可在醫生的指導下進行激光治療，如二氧化碳激光、脈沖染料激光等，或者冷凍治療。
此外，患者要注意個人衛生，避免不潔性行為，治療期間避免性生活，有助于病情的恢復。