醋鱉甲的副作用一般有引起過敏、刺激胃腸道黏膜、導致消化不良等，患者需要嚴格遵醫囑用藥。
1.引起過敏：部分患者對醋鱉甲的成分過敏，可能會引起身體的過敏反應，出現皮膚紅疹、瘙癢等癥狀，建議患者遵醫囑服用鹽酸西替利嗪片、氯雷他定片等抗過敏的藥物進行治療。
2.刺激胃腸道黏膜：該藥物在進入體內后，可能會刺激胃腸道黏膜，出現腹脹、腹瀉、惡心等不適癥狀，建議患者遵醫囑服用蒙脫石散、硫糖鋁咀嚼片等保護胃腸道黏膜的藥物進行治療。
3.導致消化不良：該藥物本身不易消化，攝入后還可能會導致消化不良，引起便秘、食欲不振、嘔吐等癥狀，建議患者遵醫囑服用多潘立酮片、健胃消食片等促進消化的藥物進行治療。
除此之外，醋鱉甲還可能有引起肝損傷的副作用，患者不要自行決定用藥，以免用藥不當，影響自己的身體健康。在治療期間患者要注意保持清淡飲食，可以適量吃營養豐富的食物，比如牛肉、雞蛋、雞肉、蘋果、菠菜、花椰菜等，有利于身體的恢復。