鹽酸氨基葡萄糖膠囊的副作用比較少見，部分患者可能會出現輕微的胃腸道癥狀，還可能會出現藥物過敏反應，長期服用鹽酸氨基葡萄糖膠囊還可能會導致出現肝、腎功能損害。
1、胃腸道癥狀：服用鹽酸氨基葡萄糖膠囊后，部分患者可能會出現輕微的胃腸道癥狀，如惡心、嘔吐等，通常是由于藥物對胃腸道黏膜產生刺激而導致，可引起胃腸蠕動的增快或減弱，胃腸蠕動增快時會導致出現腹瀉等癥狀，而胃腸道蠕動減弱會導致腹脹、便秘等不適癥狀。患者可以在飯后服用藥物以減少對胃黏膜的刺激，必要時可以同時服用甲氧氯普胺片等止吐藥物進行緩解，副作用比較嚴重時可以停止用藥，同時應用益生菌等調節胃腸功能紊亂的情況；
2、藥物過敏反應：患者服用鹽酸氨基葡萄糖膠囊后，可能會引起人體內出現變態反應，也稱為藥物過敏反應，表現為丘疹、紅斑、皮膚瘙癢等癥狀。出現藥物過敏反應后應立即停止應用藥物，根據藥物過敏反應的嚴重程度進行臥床休息，必要時可以口服抗過敏藥物，如氯雷他定片等；
3、肝、腎功能損害：人體服用鹽酸氨基葡萄糖膠囊后會經過肝、腎代謝，長期服用鹽酸氨基葡萄糖膠囊可能會導致肝、腎負擔加重而出現損害。肝、腎臟功能較差的患者應盡量避免長期應用鹽酸氨基酸葡萄糖膠囊，必須使用時需要監測肝、腎功能，如果發現肝、腎功能有異常改變，應該及時停藥。