草烏和烏頭的區別通常是植物分類不同、藥用部位不同、化學成分不同、毒性強弱不同、外觀形態不同等，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
1、植物分類不同：烏頭是毛茛科烏頭屬植物烏頭的母根，而草烏是毛茛科烏頭屬植物北烏頭的干燥塊根。二者雖同屬烏頭屬，但具體植物種源存在差異。
2、藥用部位不同：烏頭取用的是植物烏頭的母根，是主根部分；草烏則是取用北烏頭的干燥塊根，塊根相較于母根，形態及質地特性有所不同，在藥材炮制、鑒別時可作為關鍵區分點。
3、化學成分不同：烏頭主要含烏頭堿、次烏頭堿、新烏頭堿等雙酯型生物堿，這些成分是其藥效及毒性的關鍵來源；草烏除含類似的生物堿外，成分比例與烏頭有所差別，其含有的一些微量元素、苷類物質種類及含量獨具特性。
4、毒性強弱不同：草烏的毒性通常比烏頭更強，草烏所含的毒性生物堿含量及活性較高，少量誤食草烏就可能迅速引發中毒癥狀，比如口舌麻木、肢體麻木、心慌心悸等，嚴重時可致呼吸麻痹、心跳驟停。
5、外觀形態不同：烏頭呈不規則圓錐形，中部多向一側膨大，表面棕褐色或灰棕色；草烏呈不規則長圓錐形，略彎曲，頂端常有殘莖和少數不定根殘基，表面灰褐色或黑棕褐色。
鑒于草烏和烏頭均為毒性中藥材，患者不可擅自使用。