小孩扁桃體肥大通常是呼吸道梗阻的原因，會有打鼾等影響；或可能是免疫功能低下的原因，會有吞咽功能受損、誘發急性腎小球腎炎等影響。
1、呼吸道梗阻：
小孩扁桃體肥大比較常見的原因是呼吸道梗阻，此時可能導致呼吸道分泌物引流不暢，繼而出現呼吸道反復感染、鼻炎等情況。呼吸道梗阻可以導致患兒夜間睡覺以后張口呼吸、打鼾，嚴重的甚至會引起呼吸暫停，呼吸暫停會導致腦缺氧，可能造成患兒夜間睡眠不安寧，影響白天的精力，比如可能會導致第二天上課時沒有精神、記憶力下降等。
2、免疫功能低下：
另外，小孩的免疫系統通常還沒有完全發育成熟，當小孩免疫功能低下時，就可能會引起局部的細菌或病毒反復滋生，從而引起扁桃體反復發炎，導致扁桃體出現增生、肥大，甚至引起化膿性扁桃體炎。化膿性扁桃體炎發作時可能會影響到小孩的吞咽功能，可能還會出現高熱的情況。若總是反復發生化膿性扁桃體炎的時候，有可能會引起鏈球菌感染，少數小孩可能會誘發急性腎小球腎炎，建議需要積極就診。