HPV39陽性患者可以打四價宮頸癌疫苗，四價宮頸癌疫苗主要是預防HPV18型、HPV16型、HPV6型以及HPV11型感染。
臨床上應用的宮頸癌疫苗，主要以具有天然空間結構的合成L1晚期蛋白病毒樣顆粒作為靶抗原，誘發機體產生高滴度血清中和性抗體，從而預防相應的HPV病毒感染，以達到預防宮頸癌的作用。當患者存在HPV39陽性時，與接種四價宮頸癌疫苗不會產生沖突。
四價宮頸癌疫苗在臨床上接種年齡為20-45歲，在接種前需要進行宮頸癌篩查，包括HPV病毒的檢查以及TCT的化驗檢查，排除HPV6型、HPV11型、HPV18型、HPV16型感染后，才可以接種。在接種時需要避開哺乳期、孕期以及月經期，如果女性對蛋白質過敏或對疫苗有過敏現象，也不可以接種。一般在接種完畢后，需要留院觀察半小時，在沒有不舒服的情況下才可離開醫院。無論哪種宮頸癌疫苗，都需要接種3劑，而且無論是否接種，均建議定期進行宮頸癌篩查。