試管嬰兒大多數情況下女性或多或少會感到受罪。雖然試管嬰兒技術已經用于臨床有40多年的歷史，是一項比較成熟的技術，但并非全程無痛，常見可能會產生痛苦的程序包括促排卵、取卵以及妊娠等。
1、促排卵：備孕過程中需要調整體內激素水平，因此女性需要多次前往醫院，注射約10天的促排卵藥黃體酮，準備取卵移植。卵巢經過超促排卵后體積明顯增大，劇烈活動后可能會有卵巢扭轉的可能性，會導致嚴重的腹痛、惡心、嘔吐等；
2、取卵：取卵時如果使用靜脈麻醉的方法就無痛苦，如果僅是肌肉注射鹽酸哌替啶，女性仍然會感到疼痛。另外比較常見的是卵巢過度刺激綜合征，主要是由于超促排卵過程中，卵巢內有多個卵泡發育，多見于多囊卵巢綜合征、體重比較瘦以及比較年輕的患者。如果多個卵泡發育后，可能會出現腹脹、尿量減少、胸水、腹水、血栓的風險，嚴重者可能需要住院治療，放腹水的同時還進行抗凝治療。在取卵過程中可能還會導致出血、感染、膀胱等臟器損傷的風險，前兩者并發癥的風險高；
3、妊娠：女性妊娠后可能也會有多胎的風險，試管嬰兒雙胎、三胞胎的風險明顯高于自然妊娠。多胎妊娠的女性出現妊娠期高血壓、糖尿病、產后出血等并發癥的幾率較高，因此還是建議單胚胎移植，如果是三胎妊娠，可以考慮進行減胎術。
除上述程序產生的疼痛以外，整個試管期間女性的心理壓力也會比較大，焦慮是否能夠成功妊娠以及對身體的影響等。隨著醫學技術的進步，試管嬰兒產生的痛苦會越來越小。