頭花蓼屬于傳統苗藥的一種，經常用于治療或緩解腎盂腎炎、膀胱炎、尿路結石、盆腔炎、前列腺炎、風濕痛，以及跌打損傷等疾病。在使用后通常不會出現明顯的毒副作用，但也有部分人在使用頭花蓼以后，可能會出現胃腸道不適，或是原有病情加重等副作用。頭花蓼常見禁忌證為藥物過敏，而且孕產婦等人群禁忌使用。
1、副作用：頭花蓼主要具有清熱利濕、解毒止痛，以及活血散瘀、利尿通淋等功效，能夠治療泌尿系統感染、腹瀉、血尿等情況。該藥物屬于一種沒有毒性的中藥材，遵醫囑適量使用后通常并不會出現明顯的毒副作用。但頭花蓼性味寒涼，長期服用容易加重胃腸道負擔，可能會引起胃腸道不適，如腹痛、腹瀉、惡心、嘔吐等。同時，若患者本身存在脾胃虛弱或脾胃虛寒，平常就有不思飲食、食少、食后腹脹，伴有胃脘冷痛，不敢接觸涼的東西，只敢喝熱水、吃溫熱的食物等癥狀，服用頭花蓼后可能會加重上述不適癥狀，主要是由于頭花蓼損傷脾胃陽氣所致；
2、禁忌證：對于頭花蓼過敏的人群，服用頭花蓼后可能會出現瘙癢等過敏反應，故易過敏人群禁忌使用頭花蓼。而孕婦也禁忌使用頭花蓼，主要因為頭花蓼性味寒涼，同時還有一定活血散瘀的作用，孕婦服用后容易引起腹部不適，甚至可能會造成陰道出血，嚴重者會造成流產的發生。
因此，盡管頭花蓼具有較好的治療作用，但該藥物也可能產生一定的不良反應，而且還有一定禁忌人群，故最好在醫生辨證指導下，根據情況合理應用頭花蓼治療疾病。