同房第三天肚子疼，可能是由于盆腔炎、卵巢囊腫、黃體囊腫破裂、腸道痙攣、闌尾炎等疾病引起的病變表現，建議及時就醫，需要根據不同病因進行治療。
1、腸道痙攣：女性在同房第三天，如果著涼受寒，可能會引起腸道痙攣，導致肚子疼，需要注意保暖，盡量吃溫熱的食物，促進病情改善；
2、盆腔炎：女性在同房第三天，如果身體免疫功能下降，細菌等病原體對盆腔組織造成炎性損害，可能會引起局部組織充血、水腫、滲出，導致腹部疼痛，可能還會伴有發熱、陰道分泌物增多等癥狀。此時可遵醫囑使用鹽酸莫西沙星注射液等藥物治療；
3、卵巢囊腫：如果女性出現卵巢囊腫，同房時可能會對病灶部位造成刺激，引起腹痛，同房后第三天癥狀仍可能存在，部分女性卵巢囊腫較小，可能沒有明顯癥狀，不需要治療，可進行觀察處理。如果囊腫較大，癥狀較明顯，可能需要進行囊腫切除治療；
4、黃體囊腫破裂：女性在黃體期進行同房，動作過于粗暴，可能會引起黃體囊腫破裂，如果出血量較少，可能沒有明顯癥狀，需要進行觀察處理。如果出血量較多，可能會引起腹痛，如果沒有及時處理，癥狀可能會逐漸加重，在同房第三天時表現比較明顯，可能需要進行腹腔鏡手術；
5、闌尾炎：女性在同房第三天出現闌尾炎性病變，病變局部組織充血、水腫、滲出，可能引起肚子疼、發熱、惡心、嘔吐等癥狀，可遵醫囑使用注射用氨曲南等藥物治療，或進行手術治療改善病情。
此外，如果男性存在慢性前列腺炎、附睪炎、睪丸扭轉，也可能會由于同房時刺激，出現腹痛癥狀，癥狀可能會逐漸加重，在第三天仍比較明顯。建議到醫院明確診斷，如果明確為慢性前列腺炎、附睪炎，需遵醫囑使用阿奇霉素片等進行抗炎治療；如果確診為睪丸扭轉，需行睪丸復位手術治療。