通常情況下，無論是哪種癲癇患者均難以治好，開顱手術后繼發性癲癇患者亦如此。由于癲癇為大腦功能障礙而引起的慢性疾病，容易反復發作，因此開顱手術后繼發性癲癇常無法治好，僅能通過藥物控制病情。
開顱手術后繼發性癲癇的治療目標主要為控制癲癇發作，以減少對患者生活質量的影響。患者多存在明確顱內感染的病史，或者顱內腫瘤、顱腦外傷、顱內出血等原發疾病，還可能是開顱手術造成的損傷，導致腦細胞受損，引起癲癇發作。在發作時，患者表現為全身肌肉強直、呼吸停頓、口吐白沫、頭偏向一側。數秒鐘之后，出現陣攣性抽搐，通常每日多次發作，每次持續數十秒左右。
開顱手術后繼發性癲癇患者需長期遵醫囑口服抗癲癇藥物，通常首選卡馬西平，如果患者對卡馬西平無法耐受，則口服丙戊酸鈉。如果單一藥物無法控制，療效不好，并且血藥濃度超出高限，伴隨不良反應，則建議聯合用藥進行治療，如左乙拉西坦、拉莫三嗪等，規律服用藥物可有效控制病情。