枕骨大孔疝與小腦幕切跡疝的區別主要在于發病機制不同、臨床癥狀不同，具體情況如下：
一、發病機制不同
1.枕骨大孔疝：枕骨大孔疝是由后顱窩病變或顱腔內高壓引起的，當顱腔的壓力超過脊髓腔內的壓力時，位于枕大孔處的小腦扁桃體向下嵌入到枕骨大孔和椎管內，壓迫前方的延髓呼吸中樞，形成枕骨大孔疝。
2.小腦幕切跡疝：小腦幕切跡疝主要是由外傷感染、顱內腫瘤或者是顱內寄生蟲所導致的，使神經、動脈、血管發生變形、水腫、缺血，甚至出血，并產生不同程度的意識障礙。
二、臨床癥狀不同
1.枕骨大孔疝：枕骨大孔疝最常見的臨床癥狀為疼痛，一般為枕部、頸部以及背部的疼痛，疼痛呈燒灼樣，有些患者還會伴有眩暈、耳鳴、四肢無力等癥狀，嚴重時患者有可能會出現呼吸暫停，危及生命。
2.小腦幕切跡疝：小腦幕切跡疝臨床癥狀分為早期、中期和晚期。早期的患者會出現頭痛、嘔吐、煩躁不安等癥狀；中期主要表現為意識障礙，病人由嗜睡轉入昏迷狀態，同側瞳孔散大；晚期的患者則會呈深昏迷狀態，雙側瞳孔均明顯散大，對光反射消失，生命體征衰竭。