薄層CT是一種CT檢查方法，顧名思義即采取更薄的層面進行CT檢查。通常情況下，薄層指的是單次掃描層面≤5mm的情況。薄層掃描具有清晰度高、易發現小病變等優點。
薄層CT掃描每次掃描的間隔較小，因為以往的普通CT檢查為了達到較快的檢查速度，每次掃描的間隔常在10mm以上，而隨著多排CT的發展，薄層CT每次掃描層面增多，大部分可以做到3-5mm以內的薄層掃描。當然，這類比較是在同等輻射劑量的前提下進行的，由此可見，薄層CT可以發揮更薄的組織間隔掃描效果，有些高精度的薄層CT，甚至可以做到更薄層掃描。
臨床上常存在較多小病變，如肺部的小結節直徑可能僅為2-3mm，如果采取間隔10mm的CT進行檢查，可能會漏診。如果改為用2mm層面間隔的薄層CT檢查，這類小結節則會在檢查過程中完全顯影。所以薄層CT在診斷微小病變上有普通CT檢查不能比擬的優勢。
薄層CT是一項較為先進的CT檢查方法，價格相較于普通CT檢查稍高。有條件的患者可以選擇薄層檢查，以期發現更小的病變，做到早診斷、早治療。