補肺丸和金水寶膠囊一般有藥物的成分不同、藥物作用不同、治療的疾病不同。
1、藥物的成分不同：補肺丸是一種中成藥，主要是由熟地黃、五味子、黃芪以及桑白皮等成分組成。金水寶膠囊一般是由發酵的冬蟲夏草菌粉制作而成的，兩種藥物在組成成分上有所差異。
2、藥物作用不同：補肺丸一般具有補肺益氣，止咳平喘的作用，而金水寶膠囊主要具有補益肺腎、秘精益氣的作用。
3、治療的疾病不同：補肺丸主要可以用于治療肺氣不足、氣短咳喘、干咳痰粘、咽干舌燥等病癥。金水寶膠囊主要用于治療肺腎兩虛、精氣不足、久咳虛喘、神疲乏力等病癥，以及慢性支氣管炎、慢性腎功能不全、高脂血癥、肝硬化見上述癥候者。
此外，兩種藥物的禁用人群也有所差異，建議患者在使用藥物時，一定要在醫生的辨證下合理用藥。