中醫上講苦瓜性寒涼，味道偏苦，可鮮榨苦瓜汁或用苦瓜片泡水，但無論哪種方法，偶爾適量飲用不會對機體產生影響，但均不建議長時間飲用。長期飲用會導致患者出現脾胃不適，引起體寒等臨床癥狀，還有可能影響體內鈣的吸收，對于脾胃不和的患者以及孕婦，應避免隨意飲用苦瓜汁，以免造成不良反應。
1、脾胃不適：由于苦瓜汁性質偏寒涼，經常飲用可能會導致患者出現脾胃失調而表現為消化不良，也會加重胃部疾病的癥狀；
2、體寒：經常飲用苦瓜汁可能會加重患者體內寒氣，對于腸胃不佳、體質較弱的患者，還會引起腹痛、腹瀉等不良癥狀；
3、影響鈣的吸收：苦瓜中含有草酸，天天喝苦瓜水容易使草酸和鈣質形成難溶的草酸鈣，從而妨礙身體對鈣的吸收；
4、其他：由于苦瓜汁中含有奎寧成分，能夠刺激子宮發生收縮，若孕婦經常飲用苦瓜汁可能會增加流產風險。
但苦瓜汁中還含有較多對人體有益的成分，包括苦瓜素、維生素B、維生素C、鐵等元素，且性寒，能夠起到清熱消暑、清肝明目、涼血解毒以及減肥等作用，建議適量飲用即可。