生化妊娠不是自然流產，兩者存在一定差別，具體情況如下：
1.引發原因不同：生化妊娠的引發原因可能與受精卵質量不高、染色體異常有關。受精卵著床后,子宮內膜受容性差,血液供應不暢,也容易發生生化妊娠。自然流產是在受精卵著床以后，由于孕酮的數值偏低，流產的幾率會比較大。也有可能和心情、氣候、環境等因素有一定的關系。
2.癥狀表現不同：生化妊娠一般發生在妊娠的第五周之內，又稱為亞臨床流產，主要表現為陰道流血和有灰白色的膜狀物流出；自然流產的癥狀主要表現為懷孕以后容易產生陰道出血和腹痛的現象。
3.產生危害不同：一般來說，生化妊娠與女性月經延遲相似，對女性造成的影響不大；自然流產發生較為嚴重時，會引起大出血感染和休克等癥狀，當流產發生逆行感染時還可能會引起子宮內膜炎、附件炎等疾病。