清晨醒來咳嗽厲害、有痰可能是咽炎、支氣管炎、支氣管擴張、肺炎、肺膿腫等因素引起的，患者需要及時到醫院就診，并且配合醫生對癥治療。
1、咽炎：咽炎是咽部黏膜、黏膜下組織的炎癥。夜間分泌物積聚在咽部，清晨可引起咳嗽、有痰。患者可以按照醫囑使用清喉利咽顆粒、西地碘含片等藥物進行治療。
2、支氣管炎：支氣管炎是支氣管黏膜及周圍組織的炎癥。炎癥刺激導致呼吸道分泌物增多，清晨咳嗽、咳痰可能加重。患者可以按照醫囑使用復方甘草合劑、鹽酸氨溴索片等藥物進行治療。
3、支氣管擴張：支氣管擴張是由于支氣管及其周圍肺組織慢性化膿性炎癥和纖維化，使支氣管壁的肌肉和彈性組織破壞，導致支氣管變形及持久擴張。患者常有大量痰液，清晨咳嗽、咳痰較為明顯。患者可以按照醫囑使用桉檸蒎腸溶軟膠囊、乙酰半胱氨酸片等藥物進行治療。
4、肺炎：肺炎是終末氣道、肺泡和肺間質的炎癥。肺部炎癥可引起痰液分泌增多，清晨可能表現為咳嗽、有痰。患者可以按照醫囑使用阿莫西林克拉維酸鉀片、左氧氟沙星片等藥物進行治療。
5、肺膿腫：肺膿腫是由多種病原體引起的肺組織化膿性炎癥。大量膿痰是其主要癥狀之一，清晨咳嗽、咳痰可加重。患者可以按照醫囑使用青霉素鈉、甲硝唑片等藥物進行治療。
建議患者保持室內空氣濕潤，多喝水，有助于痰液排出。