肝腎囊腫通常是先天性原因和后天性原因引起的，具體分析如下：
1.先天性原因：先天性肝腎囊腫與遺傳基因有關，一般分為兩種，一是常染色體顯性遺傳，二是常染色體隱性遺傳兩種。大多數屬于先天基因遺傳缺陷，但還有一部分原因是因為胚胎形成時基因突變，在胚胎形成過程中，導致正常的基因發生突變，出現肝腎囊腫。
2.后天性原因：后天性的一些感染性病變有可能是形成肝腎囊腫的原因，如呼吸道感染、尿路感染、皮膚感染、腸胃道感染、外傷感染、器械感染等。患者在積極治療感染性病變的同時，可以在醫生的指導下服用抗感染藥進行治療，如利巴韋林、阿昔洛韋、更昔洛韋、克霉唑、酮康唑等。
綜上所述，患者一旦發現自身患有肝腎囊腫這種疾病一定要定期復查。