乙肝病毒小于100IU/ml是否可以自愈，要分情況而定，若是急性乙肝病毒感染，絕大多數(shù)可以自愈，若是慢性乙肝病毒感染，絕大部分不能自愈。
1、急性乙肝病毒感染：患者為急性乙肝病毒感染時，若免疫功能良好，通常免疫系統(tǒng)可將感染控制，并且會通過自身免疫功能將病毒清除，一般可以自愈。若是乙肝病毒核酸定量小于100IU/ml，標(biāo)志著乙肝病毒復(fù)制趨于停止，疾病趨向好轉(zhuǎn)；
2、慢性乙肝病毒感染：表示乙肝病毒復(fù)制受到抑制，但大量肝細(xì)胞中依然存在乙肝病毒基因，是否可以自愈，需要看后續(xù)免疫清除情況。如果可以獲得清除，則意味著可以自愈，否則為長期臨床緩解。
乙肝病毒慢性化多由于未成年前感染乙肝所致，特別是5歲前免疫系統(tǒng)尚未健全，感染乙肝病毒后免疫系統(tǒng)對乙肝病毒形成免疫耐受，較難清除病毒，感染呈慢性化狀態(tài)，而成年后免疫系統(tǒng)健全，感染乙肝則多表現(xiàn)為免疫清除，大多數(shù)都可以自愈。