乙肝病毒小于100IU/ml是否可以自愈，要分情況而定，若是急性乙肝病毒感染，絕大多數可以自愈，若是慢性乙肝病毒感染，絕大部分不能自愈。
1、急性乙肝病毒感染：患者為急性乙肝病毒感染時，若免疫功能良好，通常免疫系統可將感染控制，并且會通過自身免疫功能將病毒清除，一般可以自愈。若是乙肝病毒核酸定量小于100IU/ml，標志著乙肝病毒復制趨于停止，疾病趨向好轉；
2、慢性乙肝病毒感染：表示乙肝病毒復制受到抑制，但大量肝細胞中依然存在乙肝病毒基因，是否可以自愈，需要看后續免疫清除情況。如果可以獲得清除，則意味著可以自愈，否則為長期臨床緩解。
乙肝病毒慢性化多由于未成年前感染乙肝所致，特別是5歲前免疫系統尚未健全，感染乙肝病毒后免疫系統對乙肝病毒形成免疫耐受，較難清除病毒，感染呈慢性化狀態，而成年后免疫系統健全，感染乙肝則多表現為免疫清除，大多數都可以自愈。