自然流產是指胚胎或胎兒在發育過程中未經醫療干預而自行終止妊娠的過程。對于您描述的情況，6月14日為最后一次月經，隨后確認懷孕，血HCG最高達1000，后降至298，并從八月初開始流血至今近一個月，醫生診斷為自然流產。
首先，關于自然流產是否流得干凈的問題，需要通過B超檢查來明確。B超能夠幫助醫生觀察子宮內是否有殘留物，從而判斷流產是否完全。
如果B超顯示有殘留物，則可能需要進行清宮治療。清宮是一種常見的醫療手段，用于清除子宮內的殘留組織，防止感染和其他并發癥的發生。如果不進行清宮，殘留的組織可能會導致出血不止、感染或其他婦科問題。
如果您不想接受人工流產手術，但自然流產后仍有出血或身體不適，建議及時就醫并遵循醫生的專業意見。通過B超檢查確認情況后，根據具體狀況選擇合適的治療方案，以確保身體健康和恢復。
總之，面對自然流產后的身體變化和健康問題，請保持與醫療專業人員的密切溝通，并按照醫囑進行必要的檢查和治療。這將有助于更好地了解自身狀況，并采取最適合自己身體條件的處理方式。