多器官衰竭通常是由多種急性致病因素，導致機體在原發疾病的基礎之上，相繼出現的兩個或兩個以上的器官，同時或相繼出現的功能衰竭。其病因主要包括嚴重感染、嚴重損傷、休克，以及其他方面等。
1、嚴重感染：主要包括肺部感染、腹腔感染，以及泌尿系統感染，或者合并臟器壞死，以及感染的急腹癥，如重癥胰腺炎、急性膽囊炎穿孔等，由于機體的炎癥反應失控，導致炎性細胞異常激活和炎性介質異常釋放，從而破壞正常組織細胞和器官，從而會導致多器官衰竭；
2、嚴重損傷：比如嚴重的創傷、燒傷、燙傷、凍傷，或者大手術導致機體大量失血、失液，以及各種原因導致肢體大面積組織、器官缺血再灌注損傷，如擠壓綜合征等。從而導致機體正常組織功能受損，影響肢體或者軀干的血液循環，加重組織缺血和體液轉移，從而導致正常器官無法吸收營養，造成多器官衰竭的情況；
3、休克：各種原因導致的休克，如感染中毒性休克、失血性休克等，會導致重要器官微循環灌注量急劇減少，造成細胞缺血、缺氧，導致細胞受損，從而影響各種重要器官的功能和代謝，造成多器官衰竭的情況；
4、其他方面：包括心跳，呼吸驟停復蘇術后，或者急性藥物或毒物中毒，以及以往患某些慢性疾病的患者，如心臟、肝、腎的慢性疾病等，嚴重時都可能會引起組織細胞缺氧，正常組織屏障功能破壞，從而難以保障機體內環境穩定，使正常功能的細胞減少、退化，甚至死亡，出現多器官衰竭的情況。
在治療多器官衰竭時，通常需要控制原發病，去除誘因，并且給予受損傷臟器功能支持和保護，適當進行免疫和炎癥反應的調理治療，糾正組織缺氧，穩定內部環境等。