口腔真菌感染可以使用堿性溶液、廣譜殺菌劑等藥物，比如復方氯己定含漱液、碳酸氫鈉溶液、復方硼砂含漱液等。
1、復方氯己定含漱液：為復方制劑的抗菌藥物，所含葡萄糖酸氯己定為廣譜殺菌劑，甲硝唑能夠抗厭氧菌，對于感染引起的牙周膿腫、牙齦出血、腫痛及口臭、口腔黏膜潰瘍等有治療作用。使用時在口中含2-5分鐘后吐出，抗炎的同時可以清潔口腔。需注意，對甲硝唑過敏者不可使用，孕期、哺乳期等特殊時期人群慎用，需遵從專業醫生指導；
2、碳酸氫鈉溶液：對適應在酸性環境下生長的細菌和真菌有抑制作用，對于感染所引起的紅腫或者疼痛有緩解作用。使用時需注意避免濃度過高的溶液，以免導致口腔內堿化，影響牙齒功能。同時漱口后注意不可吞咽入胃，防止導致胃酸分泌異常；
3、復方硼砂含漱液：有消炎止痛的作用，其中所含的硼砂與甘油能生成酸性較強的甘油硼酸，再與碳酸氫鈉反應生成甘油硼酸鈉，呈堿性，有去除酸性細菌分泌物的作用，能用于各種口腔炎的消毒，但誤吞咽后會造成局部腐蝕，吸收量較大后會引發急性中毒。因此應在專業醫生指導下，稀釋后再含漱。
此外，還可以使用過氧化氫溶液漱口，但不可以長期連續使用，刺激性較強，會導致舌乳頭肥厚。